明志為企業辦學，學校原已具有內部控制之機制，配合教育部政策實施內部控制制度。然為能持續提升營運效能及健全本校內部控制制度，於 103 學年度進行稽核事務檢討，並依據教育部「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」及本校「內部控制制度」，制訂「內部控制制度稽核小組作業要點」，並設置「內部稽核小組」。由主任秘書擔任召集人，負責主持會議，另置執行秘書一人，由秘書室稽核人員擔任，綜理本校內部稽核業務。成員由各處室、三院及通識中心，協助推派適當人選由校長遴聘。

本校於內部稽核作業方式為採三迴圈概念之機制，執行上以各行政單位為主的自主檢查及評核，將各項行政作業發生異常的可能性降至最低；業務單位執行對其他各單位的行政業務稽核；最後則配合稽核小組運作的內控稽核。109-111 學年度共執行 48 次內部稽核作業，累積作成 170 項建議事項，相關缺失皆已處理、改善完畢。