為落實並提升廢棄物回收成效，明志訂定「資源回收變賣所得管理與獎懲辦法」，串聯全體教職員生、回收及廢棄物清運廠商、新北市清潔隊等，積極推動垃圾強制分類、垃圾減量、資源回收工作，讓資源永續循環。明志的廢棄物產生來源主要分為一般廢棄物和實驗室廢棄物。為有效管理維護校園環境安全，明志配合環保法令相關規定，建置環境管理系統及污染防治設施，以確實掌握實驗室廢液之運作情形與數量，避免發生意外或污染。

一般廢棄物管理
明志校區裡的一般廢棄物之處置方式分為焚化與資源回收二種，不可回收之廢棄物委由簽約廠商至校內定時定點清運，100%送至新北市所屬焚化場處理，可回收之廢棄物則透過分類後，交由資源回收專車運回處理。為提升資源回收效益，資源回收物資變賣所得款項，則專款專用作為購置資源回收設施及教室清潔比賽獎金。2022年亦針對廢電池進行回收，減少對環境之衝擊。校區內之餐廳廚餘，則委由廠商進行回收。

事業廢棄物處理(實驗室廢液）
明志設置「安全衛生暨毒性及關注化物管理委員會」管理實驗室之廢棄物與毒化物，並依據「廢棄物清理法」與「學術機構毒性化學物質管理法」相關規範管理處置相關物質。為落實實驗室廢液之管理，建置「校園有害事業廢棄物管制系統」妥善控管運作情形與廢棄物數量，避免意外或污染情勢發生；此外更推動化學藥品源頭減廢、調撥使用等措施，以減少化學品過期或廢棄。
實驗室廢液依特性主要分為一般事業廢棄物（D類）及有害事業廢棄物（C類），置於各實驗室之貯存桶約八分桶滿時申請送進本校廢液暫存場貯存，每年100%全數委託合格清除處理業者協助送至成功大學處理，在處理過程中，不排放任何有害的氣體、固體、液體，妥善處理實驗室廢棄物。