明志為企業辦學，學校原已具有內部控制之機制，配合教育部政策實施內部控制制度，於99學年度已完成訂定內部控制制度，並自100學年度起依查核計劃實施內部稽核作業。然為能持續提升營運效能及健全本校內部控制制度，於103學年度進行稽核事務檢討，並依據教育部「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」及本校「內部控制制度」，制訂「內部控制制度稽核小組作業要點」，並設置「內部稽核小組」。由主任秘書擔任召集人，負責主持會議，另置執行秘書一人，由秘書室稽核人員擔任，綜理本校內部稽核業務。成員由各處室、三院及通識中心，協助推派適當人選由校長遴聘。
本校於內部稽核作業方式為採三迴圈概念之機制，執行上以各行政單位為主的自主檢查及評核，將各項行政作業發生異常的可能性降至最低；業務單位執行對其他各單位的行政業務稽核；最後則配合稽核小組運作的內控稽核。108-110學年度共執行50次內部稽核作業，累積作成142項建議事項。明志在辦理各項事務皆遵守政府的相關法令，以善盡社會責任，本校最近五年，沒有發生任何民刑事訴訟案件、違反勞動相關法規、違反環境相關法規事件，因此沒有任何的賠償事件發生。

108-110學年內部稽核統計